Conservación de las especies endémicas, raras o en peligro de extinción de las Baleares, del resto de las islas mediterráneas y de sus áreas de influencia.

Investigación en biología de conservación, biología reproductiva de especies silvestres, horticultura, jardinería, etc.

Divulgación y educación para escolares y adultos, con colecciones de planta viva, exposiciones, concursos de fotografía, conferencias, publicaciones monográficas y con la edición de material didáctico como por ejemplo carteles, cuadernillos, etc.

Por las características propias del JBS y la experiencia acumulada a lo largo de los años, los programas de conservación que se realizan son planes integrados como resultado de la combinación de técnicas in situ y ex situ.

Las técnicas in situ contemplan la conservación de los recursos vegetales en sus propios hábitats y localidades naturales. Las técnicas ex situ se desarrollan en el JBS y van desde tareas llevadas a cabo en el banco de semillas, donde se conservan colecciones de semillas en condiciones ambientales apropiadas, hasta el jardín propiamente dicho, dónde las colecciones de plantas que se exponen forman parte de programas de conservación.

Estas colecciones constituyen auténticas reservas de biodiversidad y proporcionan material para investigar y realizar programas educativos.