Un herbari és una col·lecció de plantes dessecades, premsades i ordenades sistemàticament, mantingudes en condicions de baixa humitat i desinfecció per a la seva conservació. Aquestes plantes estan destinades a l'estudi i a la investigació de la botànica.

L'Herbari (HJBS) està organitzat segons les seccions sistemàtiques de pteridòfits, gimnospermes, dicotiledònies i monocotiledònies. Dins cada grup, els plecs estan ordenats per ordre alfabètic de famílies, gèneres i espècies. Els plecs que composen la Col·lecció actual pertanyen a les herboritzacions realitzades per membres del Jardí des de fa molts d'anys i ordenades en el seu dia pel botànic solleric Jeroni Orell Casasnovas(1924-1995). Aquest herbari es veu enriquit amb els plecs dipositats pels col·laboradors Maria Mayol, Maurici Mus, J. A. Rosselló, Gabriel Bibiloni i Pere Caldentey, corresponents a les herboritzacions objectes dels seus estudis d'investigació.

A part de la Col·lecció general, el HJBS disposa de l'herbari històric del Pare F. Bonafè MM. SS. CC., herbari a partir del qual l'autor elaborà la seva obra Flora de Mallorca, (Editorial Moll, 1977). L'herbari que es manté per separat del general, consta d'uns 2000 plecs de la flora vascular de Mallorca.

En aquests moments tot l'Herbari s'està informatitzant amb el programa HERBAR elaborat per Francisco Pando del Real Jardín Botánico de Madrid. El projecte d'ordenació i informatització de tot l'Herbari s'està realitzant amb una beca de col·laboració de la Universitat de les Illes Balears.