Conservació de les espècies endèmiques, rares o en perill d'extinció de les Balears, de la resta de les illes mediterrànies i de les seves àrees d'influència.

Recerca i investigació en biologia de conservació, biologia reproductiva d'espècies silvestres, horticultura, jardineria, etc.

Divulgació i educació per a escolars i adults, amb col·leccions de plantes vives, exposicions, concursos de fotografia, conferències, publicacions monogràfiques i amb l'edició de material didàctic com cartells, quadernets, etc.

Per les característiques pròpies del JBS i l'experiència acumulada al llarg dels anys, els programes de conservació que s'hi realitzen són els Plans Integrats com a resultat de la combinació de tècniques in situ i ex situ.

Les tècniques in situ contemplen la conservació dels recursos vegetals en els seus propis hàbitats i localitats Naturals. Les tècniques ex situ es desenvolupen al JBS i van des de tasques duites a terme al banc de llavors, on es conserven col·leccions de llavors en condicions ambientals apropiades, fins al jardí pròpiament dit, on les col·leccions de plantes que s'hi exposen formen part de programes de conservació.

Aquestes col·leccions constitueixen autèntiques reserves de biodiversitat i proporcionen material per investigar i realitzar programes educatius.