La Colección Base es la que conserva las semillas a largo plazo y no está disponible para intercambio.

Las semillas se mantienen a un 3-7% de humedad y a temperatura -20ºC. Según la ley  de Harrington, por cada 5ºC que se rebaja la temperatura de almacenamiento, se consigue duplicar la longevidad de las semillas.

La Colección Activa es la que se utiliza para mantener intercambios con otras instituciones y para la propagación de las especies destinadas a las colecciones de planta viva del JBS.

Esta Colección se mantiene a un 3-7% de humedad y a una temperatura de -10ºC.

Según el objetivo de conservación de las semillas, se usan diferentes envases:

Para la Colección Base:

Tubos de cristal cerrados al fuego, con gel de sílice como  indicador de la humedad, guardados dentro de botes de cristal con tapadora hermética. De cada accesión se hacen unos 10 tubos más pequeños que contienen entre 100 y 200 semillas y están destinadas a las pruebas de germinación que se iniciarán después de un mínimo de 5 años de haber congelado la accesión.