Le Jardin Botanique de Sóller joue un rôle majeur dans le maintien de la biodiversité végétale aux Baléares. Il est actuellement le plus gros détenteur de données, documents et collections faisant référence à la diversité biologique de la flore vasculaire de cet archipel méditerranéen.
L'objectif principal de la conservation d'espèces végétales est de maintenir leur viabilité à l'état naturel. Ainsi fait-on d'abord appel à des techniques de conservation in situ, travail directement au contact des écosystèmes et habitats naturels. C'est avec l'objectif de les rendre pleinement autonomes dans leur propre écosystème que le jardin botanique prend en charge la manipulation de divers peuplements d'espèces en voie d'extinction.
Quant aux travaux réalisés ex situ, ils constituent le principal outil de conservation de la biodiversité et font partie intégrante de la stratégie globale de conservation. Dans ce but, le jardin posséde 4 collections incontournables: les collections de plantes à l'ètat naturel, la banque de graines, l'herbier et les collections iconographique et bibliographique. Cette stratégie de conservation coordonnant techniques in situ et ex situ se révéle particulièrement bénéfique pour le bon fonctionnement des plans de conservation des espèces menacées des Baléares.
Suivant les directives de cette méthodologie, ont été menés à bien au jardin plusieurs plans de conservation d'espèces menacées comme Ligusticum huteri, Medicago citrina, Limonium majoricum, Thymus herba-barona subsp. bivalens, Agrostis barceloi, Lavatera triloba subsp. pallescens, etc.. Toutes ces espèces font partie de la liste de taxons aux populations actuellement considérées comme en danger d'extinction, d'après le Livre Rouge des Espèces Vasculaires des Baléares.
